Gebieden die tot nationaal park worden verklaard zijn doorgaans van bijzonder groot belang voor de flora en fauna, met ecosystemen die zijn weinig veranderd door de mens. De nationale parken van Andalusie genieten de hoogste graad van bescherming.
Er zijn twee nationale parken in Andalusië: Doñana en de Sierra Nevada. Toegang tot Doñana krijg je alleen in groepsverband mét gids. De tochten beginnen in het bezoekerscentrum El Acebuche en de VVV in Sanlúcar de Barrameda.
Het nationale park Sierra Nevada is open voor het publiek, maar vele routes zijn enkel geschikt voor wandelen of fietsen. De wegen en paden worden vaak begrenst met kettingen.